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　　微生物肥料能够作基肥、追肥，可沟施或穴施，也可用来拌种、浸种、蘸根或壹喷施，具体因菌肥类型而异。 

　　农用菌型每亩用2公斤固态菌剂与40~60公斤腐熟有机肥混合均匀后作基肥、追肥或育苗
；将固态菌剂与营养土掺匀造作营养钵，或与稀泥浆混拌，在苗木移栽前蘸根
；播前将种子浸入10～20倍菌剂稀释液或用稀释液喷湿。使种子与液态生物菌剂充分接触后再播种
；幼苗移栽前将根系浸入稀释10～20倍的液态菌剂中，而后立即取出，或用上述稀释液喷湿幼苗根系
；将菌剂稀释100倍后用于灌根或冲施
；将菌剂稀释500倍作壹肥。 

　　复合微生物肥可作基肥和追肥，每亩施用量10～20公斤
；稀释500倍作壹肥，按产品说明书要求喷施。 

　　生物有机肥可作基肥和追肥，作基肥时每亩施用量约100公斤，最好配施适量农家肥
；作追肥用量适当削减，比化肥提前7～10天施入，且应配施适量化肥。 

　　此表，当泥土氮、磷、钾营养含量较高或大量施用氮、磷、钾化肥时，根瘤菌、解磷、解钾菌肥的成效降落，甚至受到抑造，例如氮肥施用过量就会抑造根瘤菌的活动，降低根瘤的固氮作用。此表把稳，菌肥中的有益微生物是有性命的，因而在贮存时不能与农药、化肥和过酸、过碱物质混放
；不要与大量化肥或酸碱性化肥混施
；泥土过酸、过碱成干旱都影菌肥效应阐扬。